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Plot:
Archer erfährt von Daniels, dass Xindi im 21 Jhdt gelandet sind, um die Menschheit mit einer biologischen Waffe zu vernichten. T’pol und er machen sich daher mit Hilfe von Daniels auf, um die Xindi aufzuhalten. Währenddessen entführt Loomis, ein Kleinganove, Personen jeder Blutgruppe für die Xindi, die wiederrum die gewonnenen Daten einsetzen, um ihre Waffen zu komplettieren. Archer und T’Pol gelingt es, Loomis, und damit auch die Xindi, ausfindig zu machen. Nach einigen Komplikationen jedoch gelingt es den beiden die Xindi zu stoppen. Während sie nun in ihre Zeit zurückkehren, wird Loomis jedoch von Polizisten für seine Verbrechen verhaftet.
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Plot:
Als Trip eine neue Methode zur Verbesserung des Warpantriebes probiert, gibt es einen Unfall und er wird schwer verletzt. Doktor Phlox kann ihn stabilisieren, aber nicht vollständig heilen. Er schlägt Archer vor einen Klon zu züchten, der Trip mit den notwendigen Hirnteilen versorgen kann, gleichzeitig aber selbst überlebt, wenn auch nur für ein paar Tage, da der Klon nur 2 Wochen zu leben hat.

Archer befürwortet es, und der Klon wird geboren und wächst rapide. Sim, so heißt der Klon nun, erinnert sich aber bald an Dinge aus Trips Leben und je älter er wird umso mehr Dinge sind es, an die er sich erinnert. Er stellt fest dass er nur einige Tage zu leben hat, und je näher er der Operation kommt, umso weniger will er daran teilnehmen, vor allem dann nicht als er erfährt das der Eingriff für ihn tödlich ist. Sim will zuerst fliehen, bricht aber seinen Fluchtversuch ab, und lässt sich operieren. Der richtige Trip wird durch die Operation geheilt, während Sim stirbt und in einer Begräbniszeremonie verabschiedet wird.
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Plot:
Archer, T'pol und Trip landen auf einem Planeten der eine menschliche Zivilisation beherbergt, die noch im Zeitalter des Wilden Westens steckt. Nebenher existiert noch eine weitere Rasse, die Skagaraner, die ein Sklavendasein fristen muss. In der Vergangenheit entführten die Skagaraner die Menschen, um sie als Sklaven zu missbrauchen, doch die Menschen führten einen Aufstand, und raubten ihren Entführern ihre Rechte.

Archer freundet sich mit Bethany, einer Lehrerin an, die junge Skagaraner verbotenerweise unterrichtet. Als sie deswegen gefangen genommen wird, verhilft ihr Archer zur Flucht, doch sie wird angeschossen. Im letzten Moment kann er sie und sich hochbeamen, damit löst er allerdings Furcht unter den Menschen aus, die glauben dass die Skagaraner zurückgekehrt sind.

Archer beschließt mit einem Shuttle wieder zurückzufliegen, und sie darüber aufzuklären dass er von der Erde stammt, und dass sie eines Tages wieder zurückkehren könnten. Just in dem Augenblick tauchen einige Cowboys auf, die Archer und sein Landeteam für Agenten der Skagaraner halten und fangen ein Feuergefecht an, das sie aufgrund des Technologieunterschiedes verlieren.

Man hinterlässt den Menschen dieses Planeten, neben den Versprechen eines Tages zurückzukehren, die geschichtliche Datenbank der Erde der letzten 300 Jahre, und setzt die Suche nach den Xindi fort.
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Plot:
Eine Anomalie trifft das Schiff. Archer kann T'pol gerade noch aus dem Weg ziehen und wird selber von der Anomalie getroffen. Dabei wird er von Parasiten befallen, die ihm das Langzeitgedächtnis rauben. Er ist nur noch in der Lage sich an Dinge vor seinem Unfall zu erinnern, auch sein Kurzzeitgedächtnis ist nicht betroffen. T'Pol muss daraufhin das Kommando über die Xindi Mission übernehmen.

12 Jahre später: Archer erwacht und erfährt das die Erde von den Xindi zerstört worden, und die Menschheit so gut wie ausgerottet ist. Die Enterprise ist eines der letzten Schiffe, die die Kolonie der Überlebenden bewachen.

Als Phlox eine neue Behandlung versucht, stellt man fest, dass die Parasiten zeitrückwirkend zerstört werden, d.h. das sie praktisch nie existieren werden. Damit eröffnet sich die Möglichkeit die Zeitlinie zu verändern. Da wird die Enterprise angegriffen, doch gerade noch vor der Zerstörung gelingt es die Behandlung abzuschließen. Die Zeitlinie wird verändert und Archer wurde nie von den Parasiten befallen.
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Plot:
Aufgrund der Daten die der Telepath der Enterprise gegeben hat (siehe Exile) fliegt die Enterprise zu einem Planeten auf dem ein Teil der Waffe hergestellt wird. Archer nimmt den Leiter der Kolonie gefangen, nur um herauszufinden, das er gar keine Ahnung hat, dass das „Isotop“ das hier veredelt wird, zur Waffenproduktion genutzt wird.

Auf der Enterprise untersucht man die Waffe der Xindi (siehe Rajin). Man stellt fest, dass sie biologische Komponenten benutzt, doch als man die Waffe testen will, überlädt sie sich und kann von Trip gerade noch aus dem Schiff gebeamt werden.

Durch einen Plan Archers in Kooperation mit dem Leiter der Raffinerie gelingt es, einen der Behälter der an die Xindi geliefert wird, mit einem Tracker auszustatten, mit dem sie die Verfolgung aufnehmen können. Unglücklicherweise verliert die Enterprise das Schiff von den Sensoren, als es seinen Antrieb benutzt. Daher ist die Enterprise gezwungen, die Suche ohne wirkliches Ziel fortzusetzen.
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